抗戰(zhàn)開始了，程千帆經(jīng)人推薦，當(dāng)上了四川省重慶西康建設(shè)廳的一個(gè)科員，其具體工作也就是給廳長私人寫信。廳長是陳立夫的同學(xué)，名叫葉秀峰。由于陳立夫與四川的劉文輝發(fā)生了矛盾，葉秀峰只當(dāng)了一年多的廳長就垮臺(tái)了，廳長以下的人也跟著沒事做了。這段時(shí)間里，程千帆為鞏固自己的學(xué)習(xí)，連續(xù)寫了《雜家名實(shí)辨證》、《杜詩偽書考》等論文，并輯為《目錄學(xué)叢考》，于1939年由中華書局出版。面對(duì)自己的第一本論文集，程千帆的成就感油然而生，一氣呵成寫了一首五言詩：

　　恒情惡貧賤，得飽更求余。

　　吾亦常貧苦，而不樂簪裾。

　　撐腸借舊業(yè)，發(fā)篋著我書。

　　注杜稱千家，幽閉*煩爬梳。

　　孳孳事目錄，頊頊及蟲魚。

　　埋夢(mèng)盈荒齋，聊可鬼載車。

　　虛窗對(duì)平野，此意同春鋤。

　　1940年2月，程千帆到樂山中央技藝?？茖W(xué)校教語文。五個(gè)班的語文一個(gè)人教，也實(shí)在是夠忙的了。當(dāng)時(shí)武漢大學(xué)也搬到了樂山。武漢大學(xué)的劉永濟(jì)先生是程頌萬先生至交，也深知程千帆的學(xué)識(shí)。恰好武大正是要人之時(shí)，在劉先生極力推薦下，程千帆便在1941年8月進(jìn)入了武漢大學(xué)，教授三個(gè)大一班和一個(gè)特別班的國文課。其授課內(nèi)容就是程千帆自己一邊教一邊編的《文學(xué)發(fā)凡》，分上中下三篇，上篇是總論，中篇是駢文，下篇是散文。后來，程千帆進(jìn)行補(bǔ)充修改，由黑龍江人民出版社出版，書名為《文論十箋》。這本書一直作大學(xué)教材，連日本奈良女子大學(xué)的橫山教授都千方百計(jì)來中國找，說這本書太好了。在教學(xué)之余，程千帆潛心研究目錄學(xué)和《文史通義》，還寫出了很有分量的學(xué)術(shù)論文《言公通義》，在武漢大學(xué)當(dāng)時(shí)的學(xué)報(bào)《文哲季刊》上發(fā)表。

　　1942年8月，已經(jīng)都是副教授職稱的程千帆、沈祖芬夫婦，一起到成都的金陵大學(xué)任教。此后還兼職在四川大學(xué)任教一年時(shí)間。1945年抗戰(zhàn)勝利，武漢大學(xué)遷回武昌，程千帆應(yīng)劉永濟(jì)先生之邀，仍回武漢大學(xué)工作，于1947年升為正教授，1948年出任武漢大學(xué)中文系主任。

　　1949年全國解放后，程千帆教授仍在武漢大學(xué)任中文系主任。1953年程千帆教授參加慰問團(tuán)赴朝慰問中國人民志愿軍，在炮火中，他寫了很多詩歌和文章，為鼓舞志愿軍戰(zhàn)士的士氣起了很好的作用。當(dāng)時(shí)朝鮮的古版書多，又很便宜。但程千帆教授遵守紀(jì)律，只跟一些朝鮮老先生筆談一陣便離開了。從朝鮮回來后，程千帆教授深感國家必須圖強(qiáng)，也深感自己責(zé)任重大，因此更加日以繼夜地工作和寫作。這年年底，他的《文學(xué)批評(píng)的任務(wù)》一書由中南人民文藝出版社出版。以后，他個(gè)人或與人合作，每年都有著作問世。